藥廠潔凈室和其他工業潔凈室的不同之處在于不僅依靠空氣過濾的方法，使送入室內的空氣中的生物或非生物的微粒數量收到嚴格控制；同時還要對室內器具、地面、壁板等表面進行消毒滅菌處理。為此，生物潔凈室除了滿足一般室要求外，其內部材料還要能經受得起各種滅菌劑的侵蝕。